Настроить MySQL вы можете сразу же после установки, отметив опцию "Configure the MySQL server now". Откроется окно мастера конфигурации.
По порядку отмечаете опции:
Detailed Configuration
Developer Machine
Multifunctional Database
Decision Support (DSS)/OLAP
Enable TCP/IP Networking
Port Number: 3306
Manual Selected Default Character Set / Collation: cp1251
Install As Windows Service
Launch the MySQL Server automatically
Modify Security Settings
Вводите и подтверждаете root-пароль.
Настройка MySQL сервера закончена.
В дальнейшем вы можете изменить настройки либо воспользовавшись ярлыком "MySQL Server Instance Config Wizard" в меню "Пуск", либо с помощью правки файла my.ini из каталога MySQL, либо запустив "MySQL Server Instance Config Wizard" из подкаталога "bin" (файл "MySQLInstanceConfig.exe").